Jeho boj s komunistickou totalitou je nezpochybnitelný. Jeho vstup do tajného dominikánského řádu, věznění a dřina v továrně Škoda jsou dokladem odvahy a oddanosti víře. Tato léta ho také spojila s budoucí elitou svobodného Československa, zejména s Václavem Havlem. Právě toto spojení podvratného kněze a disidenta-myslitele dávalo po revoluci naději na obnovu morálního a duchovního života země.

Po roce 1990 se Dominik Duka rychle vypracoval v církevní hierarchii. Stal se biskupem v Hradci Králové a později, v roce 2010, arcibiskupem pražským. Zde se však začal stále zřetelněji ukazovat rozpor mezi Dukou-disidentem a Dukou-mocným prelátem. Zatímco dříve stála církev mimo a proti režimu, nyní se pod Dukovým vedením začala stávat součástí establishmentu.

Klíčovým momentem této proměny se stal jeho vztah s prezidentem Václavem Klausem. Zatímco jeho přátelství s Havlem bylo spíše osobní a symbolické, spojenectví s Klausem mělo výrazně politický charakter. Duka se veřejně stavěl na stranu Klausova euroskepticismu a otevřeně podporoval jeho politický tábor. Tím církev v očích veřejnosti přestala být nadstranickou morální autoritou a stala se spojencem jedné politické frakce.

Dalším kontroverzním bodem Dukova působení byl jeho vztah k majetku a financím. Jako arcibiskup byl hlavním vyjednavačem v dlouhodobém a komplikovaném procesu restitucí církevního majetku. Ačkoli se jednalo o spravedlivé vyrovnání za křivdy minulého režimu, způsob, jakým Duka tuto agendu vedl, vyvolával otázky. Církev pod jeho vedením často působila spíše jako tvrdý byznysový partner než jako milosrdný samaritán. Pro mnohé věřící i nevěřící bylo trpkým zklamáním, že církev, jejíž zakladatel žil v dobrovolné chudobě, tak vehementně usilovala o navrácení obrovských pozemků a budov.

Tato orientace na moc a majetek se plně ukázala při znovuotevření katedrály sv. Víta na Pražském hradě po rozsáhlé rekonstrukci. Slavnostní akt, který by měl být především duchovním okamžikem, se proměnil v politické divadlo. Duka předal symbolický klíč od katedrály nikoli zástupci věřících, ale prezidentu Miloši Zemanovi, politiku známému svými protináboženskými a proticírkevními výroky. Tento gesto bylo výmluvným symbolem Dukovy volby: spojenectví s mocí tohoto světa.

V oblasti morálního vůdcovství byla Dukova práce také rozporuplná. Jeho hlas byl často slyšet v tzv. kulturních válkách, kde se stavěl proti právům homosexuálů, proti ratifikaci Istanbulské úmluvy nebo proti eutanázii. Ačkoli se tak držel oficiální linie církve, chyběla u něj pastorační citlivost a snaha o dialog. Jeho vystupování bylo často konfrontační a přispívalo k prohlubování společenských štěpení.

Ještě problematičtější bylo jeho mlčení v jiných otázkách. Když vrcholila migrační krize a česká společnost i politici se často propadali do xenofobie a strachu, hlas arcibiskupa, který by připomínal křesťanskou povinnost pomáhat utlačovaným a potřebným, byl jen stěží slyšet. Podobně se vyhýbal ostřejším kritikám rostoucí sociální nerovnosti nebo bezbřehé chamtivosti, která ničí společnost i planetu. Zdálo se, že jeho morální kompas byl  nastavený spíše na otázky sexuální etiky než na sociální spravedlnost, která je v evangeliích přítomna mnohem silněji.

Dominik Duka byl muž, který měl historickou šanci vést českou církev k obnově, k jejímu návratu k evangelijní jednoduchosti a službě. Místo toho se rozhodl pro jinou cestu. Vyměnil prorockou nezávislost, kterou si vybojoval v době totality, za pozemský vliv a politickou moc.

Tato volba měla tragické důsledky pro celou českou církev. Pod Dukovým vedením se stala institucí, která je vnímána jako součást establishmentu, spojenec konzervativních politických sil a strážce majetku, nikoli víry. Místo aby oslovovala mladé a hledající, uzavírá se do sebe a ztrácí vliv.