V jižní Francii byla identifikována nová varianta koronaviru. Má 46 mutací

31. 12. 2021

čas čtení 1 minuta

Kamerun je země, kde je očkováno proti covidu pouze 2,4 procent obyvatelstva.

Výskyt nové varianty viru SARS-CoV-2 pravděpodobně kamerunského původu v jižní Francii, která obsahuje substituce N501Y a E484K v proteinu hrotu

(Pozn. red. Bude záviset na tom, do jaké míry je tato nová varianta nakažlivá...)

Varianty SARS-CoV-2 se staly hlavním virologickým, epidemiologickým a klinickým problémem, zejména s ohledem na riziko úniku z imunity navozené očkováním. V tomto článku popisujeme vznik nové varianty. U dvanácti SARS-CoV pozitivních pacientů žijících ve stejné zeměpisné oblasti jihovýchodní Francie ukázalo testování qPCR, které provádí screening mutací spojených s variantou, atypickou kombinaci. Indexový případ se vrátil z cesty do Kamerunu. Genomy byly získány sekvenováním nové generace pomocí přístrojů Oxford Nanopore Technologies na přístrojích GridION během přibližně 8 h. Jejich analýza odhalila 46 mutací a 37 delecí, které vedly k 30 aminokyselinovým záměnám a 12 delecím. Čtrnáct aminokyselinových záměn, včetně N501Y a E484K, a 9 delecí se nachází v proteinu hrotu. Tento genotypový vzorec vedl k vytvoření nové linie pangolinů s názvem B.1.640.2, která je fylogeneticky sesterskou skupinou ke staré linii B.1.640 přejmenované na B.1.640.1. Obě linie se liší 25 nukleotidovými substitucemi a 33 delecemi. Soubor mutací a fylogenetická pozice genomů zde získaných naznačují na základě naší předchozí definice novou variantu, kterou jsme pojmenovali "IHU". Tyto údaje jsou dalším příkladem nepředvídatelnosti vzniku variant SARS-CoV-2 a jejich zavlečení do dané zeměpisné oblasti ze zahraničí.

Další podrobnosti ZDE

0
Vytisknout
5768

Diskuse

Obsah vydání | 4. 1. 2022