Podstatně menšímu zájmu veřejnosti se naopak těší volby uvnitř Akademie samé. Ty přichází jednou za čtyři roky a volí se v nich předseda a Akademická rada jako nejvyšší akademický orgán mezi zasedáními Akademického sněmu (ke kterým normálně dochází dvakrát do roka). Akademický předseda na období 2009-2013 bude vybírán na zasedání Akademického sněmu 16. prosince 2008.

Dosavadní praxe byla ta, že jak předseda tak i celá Akademická rada byli voleni na jarním zasedání. Formálně ale předsedu Akademie nyní podle novelizovaného zákona o AV ČR jmenuje (i odvolává) prezident na základě návrhu Akademického sněmu projednaného vládou. Ježto u tohoto formálního jmenovacího procesu nejsou zákonem zavedeny žádné lhůty, rozhodl se Akademický sněm volit předsedu (resp. tedy připravit návrh pro předložení prezidentu republiky pro jmenování) už na podzimním zasedání, a na jarním pak zvolit Akademickou radu. To s sebou nese i ten aspekt, že neúspěšní kandidáti na předsedu pak mohou popřípadě kandidovat do Akademické rady, což v dřívějším uspořádání bylo sice také možné, ale poněkud nemotorné. Čtyřleté funkční období stávajícího předsedy prof. Václava Pačesa, který se rozhodl podruhé již nekandidovat, skončí 24. března 2009, na což by pak měl plynule navázat předseda zvolený a jmenovaný pro období 2009-13.

Poněkud překvapivě jsou letos na funkci předsedy jen dva kandidáti, a oba z oblasti věd o živé přírodě a chemických věd. Naopak z oblasti věd o neživé přírodě nekandiduje nakonec nikdo. Společenské vědy se podržely dlouhodobější tradice a taktéž nenominovaly žádného uchazeče (vzhledem k zatím poměrně mizivým šancím, že by mohl být přírodovědnými bloky nějak výrazněji podpořen). Letos tedy kandiduje ředitelka Ústavu experimentální medicíny AV ČR prof. Eva Syková, a jeden z nynějších místopředsedů Akademie Prof. Jiří Drahoš, v minulosti ředitel Ústavu chemických procesů AV ČR. Šance obou kandidátů jsou vyrovnané a volby zřejmě skončí jen těsným rozdílem.

Volby jsou tajné a členové Akademického sněmu asi z větší části reflektují zájmy svých vědních oborů. Pro Prof. Sykovou tak přirozeně budou hlasovat členové z oblasti věd o živé přírodě, a bližší bude i zástupcům společenských věd. Pro Prof. Drahoše pak nepochybně budou členové z chemických ústavů, a blízký též bude zástupcům pracovišť z oblasti neživé přírody. Vedle kmenových zaměstnanců Akademie jsou v Akademickém sněmu též v menším počtu zástupci vysokých škol, státních orgánů, a dokonce i podnikatelských kruhů. U těchto přespolních lze spíše očekávat, že se budou rozhodovat hlavně podle svých představ o ideálním předsedovi/předsedkyni Akademie, a je to patrně tato skupina, která může sehrát roli jazýčku na vahách. O výsledku akademických voleb tak zjevně opět rozhodne Zikmundův zákon (Miroslav Zikmund z dvojice H+Z): Život je přesný součet náhod. Dosti těsně ostatně skončily i akademické volby v roce 2005. Tehdy vítězný prof. Pačes získal 114 hlasů a jeho soupeř Ing. Nekvasil 91 hlasů. Protože Akademický sněm má lehce přes 250 členů, podstatným faktorem ve volbách může nakonec být i prostá nepřítomnost některých z nich.

Nový předseda a nová Akademická rada by už měli fungovat ve stabilizovaném prostředí, ve kterém nebude z žádné části publika rušivě a únavně otevírána otázka užitečnosti a potřebnosti Akademie. Jistou turbulenci by ale mohlo přinést, pokud be se měl znovu objevit návrh na vytvoření Ministerstva pro vědu a vysoké školy. Akademie by mohla během tohoto nového čtyřletého období už finalizovat své úsilí o přiznání konkretizovaného podílu na doktorských studijních programech (dříve aspiranturách) a výchově vědeckých pracovníků. Asi nejsnazší způsob by byl zřídit vlastní graduační akademickou školu (tedy akreditovanou graduační univerzitu). Akademii se už také podařilo v zásadě resistiuovat titul doktora věd, předtím dost zbytečně pohřbený, byť jeho postavení by ještě bylo lépe nějak ukotvit v zákoně. Ze strany Akademie by měla též být otevřena diskuze o funkčnosti stávajícího grantového systému, ve kterém bohužel pod povrchem stále podstatnou (pokud dokonce ne vzestupnou) roli hrají osobní konexe. Stávající grantový systém zatím ale na etické otázky vpodstatě rezignoval - kdo narazí na nepravosti, nemá se ani kam obrátit pro nezávislé a seriózní prošetření. Bohužel, i zde platí, že v Česku se poctivost zatím nevyplácí. Podstatnou změnou by mohl být vznik druhé státní grantové agentury (Technologická agentura ČR) v příštím roce, a naopak utlumení Akademické grantové agentury. Přežívají i další etické problémy, jak třeba ukazuje reiterovaná petice o akademických rehabilitacích za léta devadesátá: ZDE

Akademická volební kampaň ovšem v principu umožňuje nejen diskusi o kandidátech, ale i o akademických problémech. Více však lze ale očekávat asi až od nového Akademického sněmu, který je pak konstituován s ročním odstupem po akademických volbách. Tento nový Akademický sněm by nakonec mohl i otevřít otázku, zda by předsedu Akademie v budoucnu neměli volit všichni tvůrčí pracovníci, a ne jen členové Akademického sněmu. Tedy analogii otázky, kdo má volit prezidenta republiky, která se už také recykluje po dvě desetiletí.