Aktivní sonar je zařízení sloužící k navigaci, komunikaci a průzkumu. Pracuje na podobném principu jako radar, avšak s použitím zvukových, nikoliv elektromagnetických vln. Echolokaci však bohužel používají i kytovci, na něž má proto sonar neblahý vliv. Slabší zařízení mají za následek dezorientaci, ruší vzájemnou komunikaci při lovu nebo při páření. Silný sonar může způsobit i paniku při lovu v hloubce; následné rychlé vynoření pak patrně vede k nemoci z dekomprese ("kesonová nemoc"), kdy se v tkáních prudce uvolňují dusíkové bubliny. Postižený organismus může v důsledku dekomprese trpět rozsáhlými poškozeními tkání, plicní embolií, selháním srdce nebo poškozením míchy.

V roce 2000 krátce po použití vojenského sonaru u Baham zahynulo sedm velryb. Případy dekompresní nemoci velryb byly dále zdokumentovány v roce 2002 během námořního cvičení u Kanárských ostrovů. Pitva zvířat nalezených na pobřeží následně ukázala, že těla vykazují poškození, která jsou typickým následkem dekomprese.

V roce 2005 podala organizace Natural Resources Defense Council (po několikaletém marném úsilí dosáhnout oboustranně uznané dohody) u soudu v kalifornské Santa Monice žalobu na U.S. Navy. Obvinila v ní vojenské námořnictvo, že při cvičeních se sonary porušuje hned několik federálních zákonů. Spor se táhl několik let, až konečně 6. srpna 2007 soud vydal zákaz používat při námořních cvičeních středofrekvenční sonary. Toto rozhodnutí však nyní odvolací soud opět zrušil.

V odůvodnění se mimo jiné uvádí: "Jsme právě ve válce, ve dvou zemích... Bezpečnost velryb musí být vzata v úvahu, ale stejně tak i bezpečnost našich válečníků. A naší země."

Ani ne měsíc staré opatření na ochranu velryb bylo zrušeno. U.S. Navy tedy může v letech 2007 - 2009 provést u kalifornských břehů celkem 14 námořních cvičení s použitím středofrekvenčních sonarů, při nichž jistě dospěje k dokonalé připravenosti na konflikt s flotilami iráckých povstalců a afgánského Talibanu ;-(.