Mengele se utopil v roce 1979 v plážovém městě Bertioga, ve státu Sao Paolo.

K zásadní události v této věci došlo v roce 1985, kdy policie provedla razii do domu rakouského přistěhovalce Wolframa Bosserta, na něhož ji upozornila rakouská výzvědná služba, protože uzavřel dohodu s jistým Wolfgangem Gerhardem, jehož dokumenty se staly Mengeleho. Gerhard zemřel ve Štýrském Hradci 16. prosince 1978.

Policie také obvinila Liselotte Bossertovou, Gezu J. Stammera a Gitu Stamerrovou, že se podíleli na utajení nacistického zločince.

S Mengelovým synem Rolfem byla provedena zkouška DNA, aby se zjistilo, zda kosti, exhumované na hřbitově v Embau, jsou skutečně kosti Josefa Mengeleho. Mengele měl syna Rolfa s Irenou, ještě v Německu. Ale rozvedl se a vzal si svou švagrovou Marthu, kterou opustil, když odešel z Argentiny.

Rolf zjistil teprve, když mu bylo 16 let, že jeho "strýček Fritz" (Mengele používal jména Fritz Hollman, když se v letech 1945 - 1949 skrýval v Bavorsku) byl ve skutečnosti jeho otcem a k tomu ještě, že to byl nacistický vrah.

V roce 1977 se Rolf rozhodl cestovat za oceán a tajně se setkat se svým otcem. Použil falešných dokumentů, aby ho nesledovala izraelská tajná služba (ta, jak je známo, o řadu let předtím unesla z Argentiny Adolfa Eichmanna), a strávil v Sao Paolo čtrnáct dní. Rolf sdělil dvěma autorům, kteří vytvořili z jeho svědectví knihu, že kdykoliv se zeptal svého otce na jeho experimenty v Osvětimi, odpovědí vždycky byly dlouhé pseudovědecké a filozofické projevy.

Brazilská policie se rozhodla přestat utajovat Mengeleho dokumenty a osobní věci a z historických důvodů jich většinu uvolní pro veřejnost. Texty, které Mengele napsal, stejně jako jeho osobní věcii, budou vystaveny v Muzeu vojenské policie v městě Brasilia.

Poté, co si novináři z deníku Folha přečetli všechny Mengeleho dopisy, oznámili, že Mengele zemřel bez výčitek za to, co se dělo na jeho rozkaz v koncentračním táboře v Polsku, i za to, k čemu došlo za druhé světové války obecně. Naopak, z dokumentů vyplývá, že dále "rozvíjel" své teorie o rasách, genetice a společnosti.

Tento Anděl smrti, jak byl znám v důsledku zvěrstev, které páchal v Osvětimi, se nejprve skrýval v Bavorsku do roku 1949, kde podle svých vlastních textů pracoval na malé farmě, kterou vlastnili Fischerovi. Pak odjel do Argentiny, poté, co jeho cestu zorganizovala záchranná nacistická síť. Je to k nevíře, ale v Argentině nemusel ani používat falešného jména. Užíval svých normálních dokumentů.

V roce 1959 se přestěhoval do Paraguaye poté, co se v Buenos Aires změnilo politické klima a Německo požádalo o jeho vydání. V roce 1960 dorazil do Brazílie, skrýval se pod novou totožností.

Z rukopisů vyplývá, že Mengele zemřel ve strachu, zdeprimován a chudý. Síť, utvořená po válce na ochranu a podporu nechvalně známých jmen z nacistického Německa, se postupně rozpadala, jak její členové umírali a jak se šířil v sedmdesátých letech hospodářský útlum. Mengele si stěžuje, že nemá ani peníze na benzín na cestu do Rio de Janeiro.

Od r. 1976 většinou píše o své frustraci a o pocitech zrady, protože všichni, kdo se podíleli na utajování jeho totožnosti, ho vydírali a chtěli za to, že ho neprozradí, majetek a peníze.

Knihy, nalezené v Mengelově domě také leccos osvětlují. Měl 94 knih. Autorem pěti z nich byl rakouský zoolog Konrad Lorenz. Mengele si také uschoval ústřižek z deníku Folha z 12. října 1973 o tom, že Lorenz získal Nobelovu cenu za lékařství.

V lednu 1976 si napsal Mengele do deníku, že čte vzpomínky Alberta Speera, Hitlerova architekta. Pak kritizuje, že Speer vyjádřil lítost nad tím, co se dělo v nacistickém Německu.

Některé jeho texty byly napsány na psacím stroji Koch Adlernahmaschi, typ ABC. Jiné na stroji Zephir-SCM Smith Corona.

V roce 1969 odsoudil nedostatek kritiky izraelského týrání Palestinců. Také píše, že je německá mládež "zdegenerovaná" a nezosobňuje už německé tradice. Vadilo mu, že nová generace Němců nestaví na nacistické éře a nevyužívá jejích "úspěchů".

Mengele také napsat některé eseje na svá oblíbená témata. V roce 1973 například napsal osmistránkový text o původu a intelektuálních schopnostech židovského národa. Píše, že židé pocházejí ze směsice ras v Malé Asii a na Dálném Východě, le že během své migrace po dobu tisíců let přijali prvky od evropských ras a také negroidní rysy.

Mengele přiznává, že "bezpochyby mají lidé židovského původu velké intelektuální schopnosti", ale uzavírá, že je to proto, že všichni žili v národech s "vysokou kulturní úrovní". Zcivilizovala je země, do které přišli. Především Německo.

V jiném, třináctistránkovém eseji z r. 1976 Mengele argumentuje, že Einstein a Freud vytvořili "pouhé spekulativní teorie" a nikoliv velké vědecké dílo.

Od dopisů, které rozesílal, existuje mnoho průklepů. V jednom z těchto dopisů se posmívá malým zemědělcům, u nichž v letech 1945 - 1948 pracoval. Dopis má titul "Fiat Lux" (Budiž světlo), je adresován nějaké dámě a líčí Mengeleho marné úsilí poskytnout osvětu příslušníkům zemědělské rodiny.

V jiném, nedatovaném rukopise zdůrazňuje Mengele, že některé rasy jsou prý nadřazené jiným. Teoretizuje o rozdílech mezi různými primáty a lidmi. Zejména se mu líbí nordická rasa, ta je podle něho na nejvyšší úrovni.

V roce 1973 vytvořil složitou strukturu teorií, používajících velké množství technických dat a vědeckých referencí, jimiž se snažil dokázat svůj argument o rasových hierarchiích. Zmiňuje se o rasových teoriích hraběte Gonieaua (Josepha Arthura) a kritizuje "míšení ras ve Spojených státech". Zdůrazňuje, že to povede k tomu, že Spojené státy přijdou o svou vůdčí roli. Považoval apartheid za jedinou možnou formu soužití, měla-li být zachována rasa s vyššími intelektuálními schopnostmi.

Namísto toho, aby nás překvapil, zachoval si obraz Anděla smrti až do své vlastní smrti. Z právě uvolněných dopisů, esejů a deníků vyplývá, že se přidržoval celý život nacistických ideálů a nikdy neměl žádné pochybnosti.